A Instituição possui quatro laboratórios de morfologia específicos para o curso de Medicina com área total aproximada de 475 m², amplas janelas, iluminação natural e artificial, ar-condicionado e chuveiro de emergência e lava olhos. Cada espaço foi desenhado para permitir a aprendizagem integrada e interdisciplinar com foco na macroscopia e microscopia, sendo dimensionados para acomodar confortavelmente até 70 discentes, sendo que a organização da grade curricular prevê turmas de no máximo 35 discentes por aula. Em cada espaço, tem-se bancadas com microscópios e computadores para cada dois a três discentes e cadeiras estofadas com rodízios. Ainda, no espaço da macroscopia, temos 24 mesas de inox para a acomodação das peças anatômicas durante as aulas ou estudo dos discentes com bancos de inox e tampo de madeira.
Os laboratórios são organizados por sistemas orgânicos cujas peças são armazenadas em armários com tampo de granito e distribuídos pelas laterais do laboratório ou em depósitos próximos aos laboratórios, nos quais as peças anatômicas, particularmente as biológicas, são armazenadas em armários com portas de vidro para facilitar a identificação do material. Como parte do laboratório de Morfologia (Pinheiros), a instituição possui espaço para a conservação de cadáveres e oficina para confecção artesanal de peças anatômicas para serem utilizadas durante as aulas. Esse trabalho é realizado por profissional especializado na área.
No espaço de cada sistema orgânico, o discente dispõe de material referente à: (1) morfologia normal e patológica, macro e microscópica; (2) peças anatômicas artificiais; (3) peças anatômicas naturais incluídas em resina polimerizada; possuem acervo de imagens, negatoscópios e, em 3 dos laboratórios, uma televisão de 50 polegadas na qual são projetadas imagens de lâminas ou peças que estão sendo discutidas durante as aulas. Além das peças anatômicas, os laboratórios possuem laminário de histologia, embriologia e patologia. Ainda, como apoio ao aprendizado do discente, utilizam-se recursos tecnológicos como a Sala Maker e programas especializados que disponibilizam lâminas de histologia e embriologia
Nesses laboratórios são desenvolvidos assuntos de modo integrado e interdisciplinar relativos à Anatomia Humana, Histologia, Embriologia, Patologia Geral, Imagem e Anatomopatologia e que, em associação aos laboratórios de Práticas Funcionais, complementam o aprendizado das situações problemas que são discutidas nas sessões tutorias (disciplinas modulares transversais).
